El Comando de Aviación Naval está compuesto por tres fuerzas aeronavales (una de ellas designada formalmente como un comando de instrucción) que controlan todas las operaciones aeronavales y sus componentes de apoyo. El Comando de Instrucción Aeronaval (COIA) controla las unidades instaladas en Punta Indio (B.A.), Fuerza Aeronaval Nº 2 (FA2) hace lo propio con los residentes en Comandante Espora (B.A.) y la Fuerza Aeronaval Nº 3 (FA3) opera desde Ezeiza (B.A.), Río Grande (T.F.) y Trelew (Chb.), donde reside su comandante.

Las unidades operativas de cada fuerza aeronaval se agrupan por misión en las siguientes escuadras aeronavales: la Escuadra Aeronaval No.1 (EA1) atiende tareas de instrucción en Punta Indio; la Escuadra Aeronaval No.2 (EA2) se ocupa de la misión de lucha antisubmarina desde Espora; la Escuadra Aeronaval No.3 (EA3) es un componente multipropósito con asiento en Espora; la Escuadra Aeronaval No.4 (EA4) también es una unidad multirrol basada en Punta Indio; la Escuadra Aeronaval No.5 (EA5) es una división de transporte aéreo con asiento en Ezeiza y la Escuadra Aeronaval No.6 (EA6) es un ala de patrullaje marítimo de creciente relevancia con base en Trelew.

Las operaciones aéreas, sin embargo, son realizadas por las siguientes escuadrillas aeronavales o las unidades misceláneas detalladas a continuación:

Escudo	Designación oficial	Misión	Base	Creación	Aeronaves
APFT	Agrupación Aeronaval Aerofotográfica	Aerofotogrametría	Punta Indio (B.A.)	circa 1996	Beech B200 (B200F)
ESAN	Escuela de Aviación Naval	Instrucción	Punta Indio (B.A.)	29 Oct 1921	T-34C Turbo Mentor
EA2S	Escuadrilla Aeronaval Antisubmarina	Lucha antisubmarina	Comandante Espora (B.A)	31 May 1962	S-2E(T) Tracker
EA2H	2a. Escuadrilla Aeronaval de Helicópteros	Lucha antisubmarina, apoyo táctico, apoyo antártico	Comandante Espora (B.A)	30 Mar	S-61D y ASH-3H Sea King
EA32	2a. Escuadrilla Aeronaval de Caza y Ataque	Combate antibuque, defensa aérea de la flota, apoyo táctico	Comandante Espora (B.A)	09 Ago 1956	Super Etendard, AU-23U Turbo Porter
EA1H	1a. Escuadrilla Aeronaval de Helicópteros	Instrucción, combate antibuque, apoyo aéreo embarcado	Comandante Espora (B.A)	23 May 1949	SE.3160, SA-316B y SA-319B Alouette III y AS-555SN Fennec
EA3H	3a. Escuadrilla Aeronaval de Helicópteros	apoyo táctico	Comandante Espora (B.A)	1999	UH-1H Iroquois
EA41	1a. Escuadrilla Aeronaval de Ataque	Instrucción, apoyo táctico	Punta Indio (B.A.)	04 Dic 1958	EMB-326GB Xavante
EA52	Escuadrilla Aeronaval de Sostén Logístico Móvil	Apoyo logístico	Ezeiza (B.A.)		F.28 Mk.4000 Fellowship
EA6V	Escuadrilla Aeronaval de Vigilancia Marítima	Vigilancia marítima	Trelew (Chb.)	1996	Beech B200 (B-200M/G)
EA6E	Escuadrilla Aeronaval de Exploración	Exploración marítima, lucha antisubmarina	Trelew (Chb.)	1957	P-3B Orion