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El Paraguarí quedo muy averiado luego del choque con el Parnaiba, por lo que se dirige hacia la isla Palomera y es encallado allí, su tripulacion lo abandona.

Mientras tanto, los buques brasileños con el Amazonas al mando se lanzan al ataque contra los buques paraguayos que no habian intervenido en el abordaje del Parnahiba, al tanto el Mearim se desprende de la formacion para auxiliar al Belmonte, que estaba embicado en la isla Cabral.

El Amazonas embiste al Jejui paraguayo y lo hunde, luego de lo cual se dirige hacia el apostadero de la flota paraguaya. El Araguarí y el Beberibé salen de la formacion aguas arriba y los buques paraguayos que quedan contra la costa: Ygurei, Yporá y Pirabebé y tres chatas con cañon hostigan con artillería a los buques brasileños que se encuentran en su línea de fuego. Al ver la acometida brasileña, los buques paraguayos se dirigen aguas arriba, primero el Pirabebé, seguido en poco tiempo por el Ypora y el Ygurei.

El Amazonas, que ya habia hundido al Jejui embiste la chata remolcada por el Salto Oriental y la hunde, luego de lo cual retoma aguas arriba.

Sobre el ataque al Parnahiba, el Tacuarí ya se habia desprendido de su bordo y tambien se habia dirigido aguas arriba, escapando con bastantes daños. Los otros dos buques, Salto Oriental y Marquez de Olinda tambien se desprenden y se dirigen a tratar de recuperar las ultimas chatas a flote, pero el Amazonas  embiste al Salto Oriental y lo deja fuera de accion, apoyado por el Ipiranga y el Mearim. El Salto se hunde lentamente mientras el Marquez de Olinda sigue adelante, pero es embestido a su vez por el Amazonas, averiandolo tambien seriamente y comienza a hundirse. Es abordado por los brasileños, trabandose en lucha cuerpo a cuerpo en la que caen casi todos sus tripulantes.

El práctico Guastavino tenia la aprobacion del Almirante Barroso para utilizar como arma la proa del poderoso Amazonas, con cuyo espolon los cascos de madera de los paraguayos no podian resistir.

Recordemos que se estaba tambien desarrollando la lucha sobre el Parnahiba; los buques brasileños  Araguarí y Beberibé acuden en su ayuda y barren con metralla su cubierta, matando a casi todos los paraguayos y recuperando la nave para el imperio.El Aguatemí se dirige hacia el Tacuarí, intercambiando disparos contra las baterías de tierra, mientras el Yburei, Ypora y Pirabebé sobrepasan al Jeiquitinhonha varado, intercambiando tambien cañonazos.

Ahora el Tacuarí es escoltado por el Ypora, el Pirabebé y el Ygurei, escapando aguas arriba. El Mearim retorna para ayudar al Belmonte, que estaba embicado en la isla Cabral, se abarloa al Belmonte y rescata a su tripulacion. Los buques brasileños Beberibe y Araguarí se desprenden del Parnaiba y comienzan a perseguir a la flota paraguaya que se retira, mientras el Iguatemi consigue luego de esfuerzos rescatar a la tripulacion del Jeiquitinhonha y se une a la escuadra brasileña.

La flota paraguaya se retira con los buques Tacuarí, Yporá, Pirababé y Yagurei, habiendo perdido cuatro chatas y cuatro barcos: Paraguarí, Marques de Olinda, Salto Oriental y el Jejuí.

La flota brasileña los sigue por poco tiempo, ya que disminuyen su velocidad para esperar al Amazonas y su grupo, lo que permite que los paraguayos se alejen y escapen. Quedan varados y abandonadoslos buques Belmonte, Jequitinhonha y Parnaiba. Hay versiones que cuentan que la Beberibé y Araguary persiguieron a los buques paraguayos por mas de tres millas disparando sus cañones y sólo se detuvbieron por la oscuridad.

Debido a sus heridas, el desden del Mariscal López y la derrota, el Capitán Meza moriría algunos díias mas tarde en Humaitá. El comandante del Marques de Olinda habia sido recogido por el Amazonas, donde se le amputó un brazo, pero al despertarse y viendo que estaba prisionero se arranco las vendas y murio desangrado. El comandante del Salto Oriental, Alcaraz, fue tambien tomado prisionero, pero fallecio a los pocos días de sus heridas.

Los brasileños le prendieron fuego al Paraguary, mas debido a que el casco era de acero solo se quemo su parte interior, los paraguayos lo rescataron y llevaron a Asuncion, donde lo desguazaron y aprovecharon el hierro, que era sumamente escaso al fin de la guerra.

El Iporá parecia el buque que mas habia sufrido, le habian roto el palo trinmquete cerca de su arranque, toda la obra muerta de proa estaba destruída teniendo ademas su cámara cribada de balas, pero la realidad era el que habia sufrido menos. Todos los vapores tenían sus chimeneas hechas pedazos por las balas y algunos agujeros en sus cascos, pero el unico daño serio fue la caldera del Igurey, que fue cimpuesta en 3 o 4 días.

Todos los cañones de las fuerzas paraguayas fueron desmontados, la mayor parte por el fuego incesante que hicieron y el resto por las balas enemigas. SE mandaron vapores mas adelante con el objeto de salvar algunos de los buques perdidos, pero solo se consiguió salvar al Paraguary. Del Jeiquitinhonhas se sacaron dos cañones de 68 y 4 "hermosos cañones de fierro de á 32, tambien dos obuses de bronce de 5 pulgadas" y una gran helice de bronce que tenia de repuesto, se tomo un gran número de libros, sables, papeles, ropas, relojes e instrumentos y se llevo igualmente una verga mayor a Humaitá donde fué destinada a columna central en una rotonda de baile.

El jefe de la escuadra brasileña. Barroso, fue hoinrado por el emperador con el título de "Baron de Amazonas" y una cruz como condecoracion.  El Almirante Tamanmdaré, que hacia meses "estaba yendo hacia el frente de combate" fue felicitado por la victoria, no obstante haberse ocupado solo en galantear a las damas en Buenos Aires.

Para el día 13, la escuadra brasileña se retiro aguas abajo a toda velocidad, fondeando un poco mas arriba de Bella Vista.