La "Virgen de Covadonga" formaba parte de la escuadra del almirante Pareja, durante la corta guerra que sostuvo España contra Chile y Perú, de tal forma que este navío fue capturado por la armada de Chile pasando a integrar parte de la flota chilena bajo el nombre de "La Covadonga". El navío prestó servicios de exploración en los mares australes y tareas propias de tiempos de paz.

En 1879 Chile entro en guerra con Perú y Bolivia (Guerra del Pacifico), la cual concluyo en 1884 con el triunfo de Chile. En este conflicto la Covadonga tuvo la siguiente participación:

El 21 de mayo  de 1879 los buques de guerra chilenos "Esmeralda" y "Covadonga" mantenían el bloqueo del puerto peruano de Iquique, ambas naves fueron destinadas a este propósito por cuanto eran las más antiguas, con las tripulaciones novatas y los oficiales que se consideraban poco "marinos". Arturo Prat era comandante de la Esmeralda; oficial de carrera y titulado abogado, y Carlos Condell comandante de la Covadonga; oficial de carrera el cual estuvo sometido a la fiscalía naval por casarse sin permiso.   En este día a las 7:30 am. se presentaron en Iquique los navíos blindados peruanos,"Huascar" e "Independencia" con el fin de romper el bloqueo del puerto y destruir las fuerzas Chilenas.

El Huascar, un monitor, se enfrento a la Esmeralda, buque de madera y con cañones de 40 libras, este combate duro hasta las 12:10, hora en que la Esmeralda se hundía sin rendirse con la bandera al tope, y después de que parte de sus tripulantes bordaran el Huascar en dos oportunidades.  

La Covadonga recibió la orden de salir de Iquique para poner en alerta a Antofagasta (al sur de Iquique), cuartel general del ejercito Chileno, en su persecución salió la Independencia. Tras horas de marcha el capitán Condell logró maniobrar a la Covadonga sobre unos roqueritos causando que la nave peruana  encallara, tras lo cual Condell repaso a cañonazos al buque enemigo provocando daños que unidos al encallamiento dejaron inutilizable a la fragata blindada peruana.

Como con secuencia de este combate naval la flota peruana perdió uno de sus dos blindados y la posibilidad de atacar el puerto de Antofagasta.

Años mas tarde 1883 la Covadonga cumplía con el patrullaje de la costa norte del Perú cuando fue interceptada por un bote el cual y por orden capitán Goqi, de la Covadonga, fue izado abordo. En esta maniobra el bote detono una carga explosiva la que produjo el hundimiento de la vieja Covadonga. Triste e indigno final para un barco que lucho en mar, se enfrento a la artillería costera, escolto y sirvió como barco hospital.