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En su jurisdicción se encuentran las Prefecturas de Posadas, Iguazú, San Javier, Itá Ibaté, Ituzaingó, Libertador Gral. San Martín y Eldorado con sus Unidades subordinadas. Frontera fluvial con Brasil y Paraguay

Tiene dos escalones orgánicos de importancia, como las Prefecturas de Paso de los Libres y Santo Tomé,  además de las Prefecturas Monte Caseros, Yapeyú, Alvear y Garruchos con sus Unidades subordinadas.

En su ámbito jurisdiccional se encuentran las Prefecturas Corrientes, Formosa, Barranqueras, Pilcomayo, Reconquista, Goya, Paso de la Patria e Itatí con sus Unidades subordinadas; existiendo un intenso tránsito de buques comerciales hacia y desde Brasil y Paraguay. Al igual que toda el área fronteriza, la correspondiente a esta zona exige un permanente control migratorio y  de vigilancia para prevenir y reprimir el tráfico ilícito de drogas y de mercancías de importación y exportación. Existe asimismo una creciente actividad de pesca deportiva.

Está integrada por las Prefecturas San Isidro, Tigre, Campana, Zárate, Olivos, San Fernando, Escobar, San Pedro, Guazú Guazucito, Martin Garcia y Paranacito, con sus Unidades subordinadas. Hay un importante tránsito de buques de ultramar, de cabotaje nacional e internacional y embarcaciones de pasajeros, destacándose el parque náutico deportivo más numeroso del país.

Tiene Prefecturas que se destacan: las Prefecturas de Buenos Aires, Boca del Riachuelo, Dock Sud, La Plata, General Lavalle, todas ellas con sus Unidades subordinadas, distribuidas a lo largo de su jurisdicción.  El puerto de Buenos Aires, mediante buques de ultramar y cabotaje, absorbe un importante porcentaje del total de la carga general que se mueve en el país. Los puertos de Dock Sud y La Plata, especializados en productos químicos, hidrocarburos y derivados, adquieren relevancia por la concentración de medios para la prevención de siniestros.

Desplegadas en su jurisdicción se encuentran las Prefecturas de Mar del Plata, Quequén, Bahía Blanca, Patagones, Puerto Madryn, San Antonio Oeste y Rawson con sus Unidades subordinadas. Son sus rasgos predominantes, el desarrollo de una importante actividad pesquera a través de los puertos de Mar del Plata y Madryn e importantes terminales cerealeras con puertos de aguas profundas  en Quequén y Bahía Blanca y punto de salida de toda la producción frutihortícola del Alto Valle del Río Negro a través del puerto de San Antonio Este.

La mayor actividad se concentra en las Prefecturas de Comodoro Rivadavia, Puerto Deseado, Río Gallegos e Islas Malvinas, Río Grande, Ushuaia e Islas del Atlántico Sur, San Julián, Santa Cruz, Caleta Olivia y Lago Argentino con sus Unidades subordinadas.  Hay una importante actividad pesquera en Puerto Deseado y Punta Quilla y uno de los mayores movimientos de hidrocarburos del país a través de Comodoro Rivadavia.  El puerto de Ushuaia, tiene gran importancia estratégica y constituye la última escala continental en la navegación hacia la Antártida.

Abarca un área lacustre integrada por casi 80 lagos navegables situados en las provincias de Neuquén, Río Negro y Chubut, donde se desarrolla una importante actividad náutica deportiva y de placer con un gran movimiento de pasajeros que visitan la zona lacustre y los parques nacionales de la región. La alta sensibilidad ecológica del área, determina asimismo una atención particular a cargo de las Prefecturas de San Carlos de Bariloche y Del Comahue con sus Unidades subordinadas.