En 1854 se produce la separacion de la Pcia. de Buenos Aires del resto de la Confederacion y es electo Pastor Obligado como Gobernador del estado de Buenos Aires. En este período se autoriza a demoler el Fuerte y levantar en ese sitio la Aduana, que hasta entonces habia estado funcionando, desde la época del Virreinato, en en edificio viejo de Azcuénaga situado sobre la barranca del rio a la altura de la Av. Belgrano. Tambien se autoriza a construir un muelle de pasajeros.

Proyecto Taylor, 1854

La demolicion del fuerte se hizo parcialmente, se volteo el gran muro exterior que descendia hasta la playa y parte de las construcciones anexas, respetandose los edificios en su interior, mejorandolos. La nueva Aduana tenia forma de hemiciclo que miraba hacia el río, con dos pisos y ventanas simetricas y un gran porton hacia la playa, del cual partia un  muelle que se introducia en el río. Esta Aduana comenzo a construírse en 1855 y ocupaba la actual plaza Colon. En la actualidad, frente a la Casa Rosada, se pueden ver en las excavaciones hechas en los ultimos años el primer piso de la misma, que se estan conservando como museo historico.

Litografía de Buenos Aires de  Deroy, de la original realizada en París en 1861. Se ve el muelle durante su construccion	Litografía de Dulin de 1859 (detalle) "Buenos Ayres frente a la Aduana"
Vista del puerto de Buenos Aires en la segunda mitad del Siglo XIX. Coexistían aún el  viejo fondeadero de pozos y bancos con los modernos muelles de pasajeros. Detalle de una litografía de Dulín, c. 1865.

Las imagenes que siguen fueron tomadas a partir de 1864.

1864
Fotografia de 1867 y detalle de la misma. A la derecha se ve el Paseo de Julio, mostrado mas abajo.
Al dorso de esta foto se lee" Desde el muelle de pasajeros ubicado en inmediaciones del Paseo de Julio (actual Av, L.N.Alem) y en la cercania sur de la calle Cuyo (actual Sarmiento). Al fondo, de izquierda a derecha: Muelle y Aduana  Nueva, Casa de Gobierno, Estacion Central de Ferrocarriles, Murallon erigido por el Ing. Felipe Senillosa durante el año 1849 y ribera norte.
Muelle de la Aduana, vista de 1864.

En esta foto de 1883 se observa la Aduana (ya llamada Aduana Vieja) y las vías y estacion de ferrocarril frente a ella. En la foto de la derecha se observa la misma estacion de FFCC, pero esta vez la Aduana y su muelle fueron retirarados y se estan construyendo los diques de Puerto Madero.

El muelle de pasajeros se construyó antes, quedando inaugurado en Septiembre de 1855 y se hizo sobre el bajo de La Merced. Tenia una extension de 210 metros de largo y se internaba perpendicularmente en el río entre las calles hoy llamadas Bartolome Mitre y Cangallo. Tenia una gran plataforma sostenida por pilotes de madera dura, en la entrada habia a cada lado un kiosco de control con un deposito de mercaderias anexo.

Estas obras fueron proyectadas y dirigidas por el Ing. Eduardo Taylor y prestaron para la época una relativa mayor comodidad, al permitir llegar las lanchas alijadoras hasta frente de la ciudad sin necesidad de usar los transbordos en carros. Se le permitio tambien a la empresa Las Catalinas construir un muelle particular similar, mas chico, a la altura de la calle Paraguay y que comunicaba con las vias férreas.

Albumina sobre carton de Benito Panunzi, circa 1867, col. Sanchez Bidart	1880. Museo de la Ciudad
Muelle en foto circa 1864, mirando desde la barranca de la Aduana hacia el norte. Se ve la rada con los buques anclados.	Paseo de Julio, 1867 (actual Av, Alem) con el malecon donde llegaba el río.

Dos años despues de estar el muelle de pasajeros inaugurado, en 1856 en la Legislatura de la Pcia. de Buenos Aires fue presentado un proyecto de Ley para que la Pcia. contratara un ingeniero hidraulico especializado para la construccion de un puerto en Buenos Aires. Se sanciona la Ley y se contrata al Ing. Juan Coghlan para ese objetivo. En 1858 llega Coghlan al pais y en 1859 presento un proyecto de un puerto de abrigo que comprendia dos dársenas separadas de la costa en el Bajo de la Residencia, con comunicacion con el Riachuelo. Tampoco prospero este proyecto por problemas políticos dado el conflicto entre Buenos Aires y la Confederación.

Proyecto Coghlan de 1859, un detalle en la foto de abajo. (Ambas fotos se agrandan)