Durante la batalla del Riachuelo el Paraguarí fué embestido por el Paranahiba y fue a encallar sobre un banco de arena, muy dañado, pero no pudo ser tomado por los brasileños, aunque los paraguayos le prendieron fuego para que no cayera en manos enemigas. Luego de 5 meses de trabajos, pudieron ponerlo a flote nuevamente, llevado a Humaitá y de allí a Asuncion, remolcado por el 25 de Mayo.

Los buques fueron desmantelados en Asuncion al saberse del arribo de la flota imperial hasta allí y se retiraron a la boca del río Manduvirá con el fin de escapar. Pero como los monitores brasileños los seguían, se ordenó hundir la Paraguarí transversalmente en uno de  los pasos más angostos para que los brasileños no pudieran pasar. Esto logro detener a las naves brasileñas de mayor porte, aunque tiempo despues una crecida del río les permitio pasar. Ver Vapor Cué.

Muchos años después un español de nombre Montanía y otro extranjero de nombre Pittapol consiguieron reflotar el casco para traerlo a Asuncion, pero por una mala maniobra en el Paso de Remanso Castillo del río Paraguay, quedo definitivamente encallado en la vera derecha del lugar, donde los viajeros lo podían contemplar en las épocas de bajante del río.