El capitan Fernández, mientras prestaba servicios en comisidn en la Empresa Nacional de Bolivia en 1886. Ilevó a cabo acompañado por el ingeniero Carlos Thompson. por invitación del ministro de Bolivia en Asunciún. D. Isaac Tamayo, una corta expedición de 130 Km por el caudaloso Aguaray- Guazú; en su informe de junio de ese año se muestra entusiasmado sobre la posibilidad de que el rio fuese cl brazo principal del Pilcomayo (Laudo Hayes). Este informe dio lugar, sin duda. a la expedición posterior que estudiamos.

La expedición 

La Expedición Fernández fue una modesta operación preñada de problemac, realizada por un oficial de Marina y diez tripulantes contratados para tal fin, con dos pequeñas embarcaciones (una a vapor). En esta expedición se combinaron todas las incidencias que le suceden a las grandes, con la diferencia de que la del epígrafe dispuso de medios muy pobres, aunque su resultado no dejó de ser aceptable.
En los ultomos días de la primera presidencia del teniente general Roca, el 19 de setiembre de 1886 zarpaba de Buenos Aires hacia Asunción una escuadrilla al mando del capitán de Marina D. Federico Wenceslao Fernández. Se compuso con el vapor Sucre,  la chata Susana, de 17 Tn, más dos canoas, que tripulaban diez hombres. Tenía la mision de explorar el río Aguaray-Guazú, reconocer su importancia y sobre todo buscar el origen y confluencia con el río Pilcomayo, todo lo cual se realizaría en un término de dos meses y medio; contribuiria asi a la politica nacional ya mencionada.

La expedición fue armada a toda máquina; en pocos días, el jefe designado alquiló y conformó una pequeñia escuadrilla que pudo adolecer, obviamente, de algunas falencias. 
El 25 de setiembre arribaba a Asunción. El lº de octubre dejaba el puerto rumbo al Aguaray·Guazú, acosado por una mala noticia: se estaba generando una bajante y, por su duración, sorprendió las previsiones de los más conocedores de estos rios. La expedición salvó la barra del Aguaray sin dificultad y se internó en el río. A unos 15 Km se encontró con dos bocas; tras largo dudarse tomó por la de estribor, que correspondía al caudaloso arroyo Huergo, como canal principal del Aguaray-Guazú. A poco andar, el Sucre varó; su reflotamiento provocó cinco días de demora pues tuvo que hacerse un canal en pleno banco. Después de navegar de consuno 105 Km, Fernández se encontró con otras dos bocas: una que terminaba en un bañado varios kilómetros arriba, y la siguiente que lo hacía en dos cascadas que imposibilitaban la navegación. Ante esa situación retornó hasta el río Paraguay ya que el Sucre tenía una bomba de alimentación averiada y debía ser reparada en Asunción, mientras haciendo tiempo el resto fondeaba en Villa Rosario (Km 1.790).

El 24 de noviembre de 1886 la escuadrilla se encontraba de nuevo ante la obsesiva barra que cruzaron perfectamente. Después, ante las primeras bocas, donde entraron sin hesitar por la de babor navegando por lo que a la postre resultó el verdadero canal del Aguaray-Guazú. Se había avanzado unos 160 kilómetros por el curso, con agua suficiente, cuando el 26 de diciembre el Sucre volvió a varar, esta vez sin ninguna perspectiva halagüeña, pues la temporada seguia en plena bajante; se realizaron unas cortas exploraciones en canoa que determinaron la conveniencia de intentar la superación de la varada.

Por consiguiente se esperaron 45 días por si alguna lluvia providencial (era epoca de Iluvias) facilitaba el reflotamiento del vapor. No habiendo caído en ese lapso ni una gota de agua a pesar de los truenos y relámpagos continuos, Fernández resolvió dejar al Sucre con la chata fondeada cerca de él, y con una canoa y tres hombres dispusa continuar el 9 de febrero de 1867 el ascenso del río hasta su confluencia con el Pilcomayo. El viaje fue terrible; a veces lo hacían navegando; otras -las más- debían arrastrar la canoa a la sirga o espiando; pasaron con el agua hasta la cintura de una margen a la otra no menos de 40 veces por día, dejando que la ropa hecha jirones se secara sobre sus humanidades al sol de diciembre. A unos 28 Km río arriba, el capitán Fernández ordenó dejar la canoa y proseguir el viaje a pie, no sin antes clavar una chapa alusiva en un árbol. Lo hicieron llevando un poco de yerba y galleta, las armas y las "camas" (manta y mosquitero). Al tercer día encontraron un área que imposibilitó del todo el avance. Por lo tanto, el jefe dio por terminada la entrada con el desconsuelo consiguiente, estando en 23" 46' S y 58" 46' 0.

 Regresaron al lugar donde habían dejado varadas a las dos embarcaciones y las encontraron casi en seco, asi que tampoco se podían pasar las canoas al otro lado.

El regreso a pie era imposible, por lo que se esperó una lluvia salvadora a pesar de que los víveres comenzaron a escasear; esto agregaba una preocupación más al comando. En previsión de una emergencia se alimentaron preferentemente con pescado, ciervos y carpinchos, pero pronto se acabaron los anzuelos y se supeditaron a lo que se podía cazar. Para colmo, los indios los cercaron con fuego, aunque por suerte no afectó a los buques, en los que se refugiaron, y con las armas alejaron del toda a los salvajes. El 19 de febrero de 1887 -luego de 45 días de espera se desató una fuerte lluvia que duró una hora, con lo que se incrementó el nivel de las aguas del rio en unos 15 cm, que sumados a los 10 que habia fueron suficientes para atravesar los bancoc con las dos canoas a flote y pasar al otro lado del río. Embarcaron víveres para 15 días, mantas y mosquiteros, el cronómetro, las placas fotográficas, medicamentos y los diez hombres. Los buques quedaron amarrados a unos árboles, y se alejaron el 20 de febrero.

La extenuante navegación abarcó 18 días a lo largo de 700 Km, hasta arribar a Villa Hayes. El 14 de marzo de 1887 todos los expedicionarios que habian salido llegaron a Asunción; se habian recorrido en ese lapso más de 1.500 Km de ida y vuelta en vapor, en canoa y a pie.

Conclusiones, logros y observaciones sobre la expedición, consignados en los informes elevados a los dos mandos militares 

El trabajo del capitán Fernández fue improbo. Tuvo que hacer solo una trayectoria de unos 700 Km del río, sondar y levantar croquis de sus canales y lagos; hacer las observaciones astronómicas para la determinación de latitudes y longitudes; sacar vistas fotográficas; redactar el diario de la expedición; hacer las observaciones de las características de ias aguas del río y afluentes que conociera, y de las costas y campos aledaños con la fauna y la flora visibles; del clima, la meteorología; protegerse de las nubes de mosquitos y polverines, resguardarse de las alimañas y del indio. Vivieron de la caza y de la pesca, aunque la carencia al final de anzuelos y la escasez de munición produjeron no pocas zozobras. Quedó constancia de haber encontrado siete campamentos de indios, algunos recién abandonados. Además cabía, obviamente, la conducción de las unidades y sus trípulantes, los informes correspondientes y un plano final.

Para el capitán Fernández, el río Aguaray-Guazú era el brazo principal del Pilcomayo, pues este úItimo -al bifurcarse hacia el Norte desde unas 20 leguas arriba de los Rápidos- deberá ser encontrado por aquél a pesar de que su curso corre al NO. La triangulación hecha lo ha llevado a ese convencimiento. En una palabra, esta expedición fue altamente provechosa a pesar de que no pudo dilucidar fehacientemente el interés del gobierno por conocer el delta del Pilcomayo en detalle y su vinculación con el Aguaray-Guazú.